Persona 3 membawa para pemain mengontrol kehidupan seorang pelajar yang bergabung anggota lain dari SEES-yaitu Specialized Extracurricular Execution Squad-untuk melawan Shadow dan makhluk lain yang muncul dalam waktu Dark Hour, yaitu waktu yang berlalu di antara satu hari dan hari berikutnya, setiap hari, yang hanya disadari oleh beberapa manusia saja. Para pemain menggunakan senjata dan kemampuan sihir melalui penggunaan "Persona" untuk mengalahkan musuh di dalam sebuah sistem bertarung sesuai giliran. Salah satu fitur yang ironik dalam judul ini terlihat ketika karakter-wataknya menyerukan Persona mereka: dengan menarik picu Evoker yang menyerupai sebuah pistol, yang ditargetkan di kepala mereka, yang tidak melukai mereka, tetapi memberi tekanan emosi yang cukup untuk memanggil keluar Persona tersebut. Selain elemen-elemen biasa yang dilihat dalam RPG lainnya, Persona 3 juga memiliki elemen simulasi dating yang serupa dengan pola permainan The Sims, menurut perjalanan karakter-wataknya melalui pergerakan hari demi hari di dalam satu tahun sekolah, mengembangkan hubungan dan menciptakan rantai sosial untuk memperkuat Persona yang digunakan dalam pertarungan.
